La Reserva de Biosfera del Manu se ubica al sur-oriente del Perú, entre las latitudes 11°20′S – 13°15′S y las longitudes 72°30′W – 70°45′W, abarca territorios de las regiones de Madre de Dios y Cusco, en las provincias de Manu y Paucartambo; con un territorio de 1’909,800 hectareas que se divide en tres grandes zonas: El Parque Nacional, con 1’532,806 ha. la Zona Reservada con 257,000 ha y la Zona de Transición o Cultural, con 120,000 ha.

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Altitudinalmente se extiende desde los 300 m.s.n.m, en la confluencia del río Manu con el río Alto Madre de Dios, hasta los 3,800 m.s.n.m en la cumbre de la montaña Apu Kañahuay.

La zona núcleo o Parque Nacional del Manu está destinada a la protección y solo se permiten actividades de investigación antropológica y biológica, limitadas a la observación de la vida y los procesos ecológicos en su forma natural; en el Parque se encuentra la Estación Biológica de Cocha Cashu, uno de los más importantes centros de investigación de los bosques tropicales.

En esta misma área existen poblaciones humanas de nativos amazónicos pertenecientes a diferentes etnias que la habitan desde tiempos inmemoriales, cuyo número se calcula en unos 1000 indígenas; sin embargo, también existe una población quechua de aproximadamente 200 personas en la zona de Callanga.

La zona de amortiguamiento es la Zona Reservada del Manu y se ubica en la parte baja del río Manu, en esta área estan permitidas las actividades turísticas (organizadas por las agencias autorizadas) y la investigación con mínima manipulación. Es posible observar una gran riqueza paisajística y natural por la gran cantidad de flora y fauna visibles desde los ríos y las “cochas” (meandros del río que se cierran y quedan aisladas del cauce principal, formando lagunas que mantienen una gran riqueza de fauna).

La zona de transición o cultural está conformada por la cuenca del río Alto Madre de Dios y los territorios altoandinos que bordean la parte sur de la reserva, entre la línea divisoria del Parque Nacional y el río Mapacho. En esta zona predominan las poblaciones de colonos que desarrollan actividades agrícolas, pecuarias y forestales y que cuentan con servicios básicos de salud, educación y desarrollo, aunque de manera incipiente.

Alrededor de la Reserva de Biosfera del Manu existen otras áreas como la Reserva Territorial del Estado a favor de los Grupos Étnicos Kugapakori y Nahua, el Santuario Megantoni y La Zona Reservada Amarakaeri; estos territorios y los de la cuenca del río Mapacho, además de la ampliación de la actual zona cultural (que luego se llamaría Zona de Uso Múltiple Andina y Amazónica) están considerados dentro de los estudios y propuestas para integrarlos a la Reserva de Biosfera del Manu.

La zona del Manú tiene una historia marcada por la llegada de gente foránea, desde los tiempos del imperio de los incas en que el inka Pachacutec y Tupac Inca Yupanqui anexaron esta zona a su imperio, hasta la llegada de los españoles que poco tiempo después de su llegada al Cusco fundaron el pueblo de Paucartambo, lugar donde establecieron haciendas y encomiendas y donde además al rey Carlos III de España ordenó la construcción de un puente que facilitar el comercio de los productos de la zona; fue así como este valle empezó a abastecer al Cusco de productos como la coca el azúcar el algodón el ají, la madera y otros. En marzo de 1567, el español Juan Álvarez Maldonado a cargo de la provincia de Mojos emprendió un viaje de 37 días para hacer la primera expedición desde Paucartambo hasta la actual localidad de Pillcopata. En mayo del mismo año, Manuel de Escobar montó una segunda expedición que siguió el curso del río Alto Madre de Dios hasta el río Manú. Mucho después en 1861 el coronel Faustino Maldonado emprendió una nueva expedición desde Paucartambo hacia el río Madre de Dios. Fue en honor a el que 30 años después, el varón del caucho, Carlos Fitzcarrald bautizaría la desembocadura del río Tambopata como Puerto Maldonado actual capital del departamento de Madre de Dios.

En la selva baja las poblaciones indígenas se vieron afectadas por las actividades extractivas a fines del siglo XIX, la explotación del caucho marcó el inicio de intrépidas empresas como la de Fitzcarrald, uno de los caucheros más famosos de su época. No obstante, la zona del Manú fue parcialmente explotada. Las actividades caucheras cesaron en los años 20 cuando el recurso, incapaz de reponerse a la explotación intensiva y a la competencia de los prósperos y menos costosos cultivos en el continente asiático, empezó a disminuir.

Entre los años 50 y 60, la construcción del tramo final de la carretera dio inicio la extracción maderera de cedro y caoba, el trabajo de haciendas y posteriormente la extracción de pieles finas (otorongo, tigrillo, y lobos de río). Más recientes son las actividades de exploración petrolera. En tanto, en la zona andina, las actividades agrícolas se vieron afectadas por la reforma agraria iniciada en 1969.

A partir del siglo XX la presencia religiosa se hizo más significativa, en 1902 los padres dominicos fundaron su primera misión en Asunción. En 1908 instalaron el segundo puesto misional, San Luis del Manú en la desembocadura del río Manú luego de abandonar esta se establecieron en la misión del Pantiacolla, la que luego de haber sido arrasada por una inundación se ubicó definitivamente Shintuya en 1958.

En 1967, por iniciativa de Celestino Kalinowski, hijo de un célebre naturalista polaco que llegó al Perú en 1887, y el informe del asesor británico Ian Grimwood, se recomendó al estado peruano la creación de un parque nacional en Manu. En 1968 se declaró como bosque nacional y posteriormente en el 29 de mayo de 1973 se estableció el Parque Nacional del Manu sus límites se trazaron aplicando el principio de los límites naturales y el dominio de cuencas. Sin embargo, el límite del parque en el mismo río Manú tuvo que detenerse en la confluencia con río Panahua debido a que existía una exploración petrolera.

En la Reserva de Biosfera del Manú existen testimonios de antiguas culturas, como los petroglifos de Pusharo, un conjunto de grabados de los que aún no se ha podido explicar su origen y significado, que fueron reportados por primera vez por el padre Vicente de Cenitagoya en 1921 y están ubicados en la margen derecha el río Shinquivenia, afluente del río Palotoa; otros petroglifos se encuentra en el río Queros, sobre el gran peñasco “Hinkiori”, legendario para los Wachiperi. De igual manera se tiene conocimiento de un sitio arqueológico en la zona de Mameria, ubicado en las cabeceras del río Piñi Piñi.